La Corte dei Conti ha stimato un danno erariale di 3 milioni e mezzo, da parte dell'Istituto Zooprofilattico Sperimentale di Foggia.
L'Istituto, pur avendo avuto il via libera dalla Regione Puglia a svolgere i servizi di gestione dell'anagrafe e movimentazione animali di allevamento e di gestione dell'osservatorio epidemiologico veterinario regionale, aveva provveduto ad affidare tali servizi, a sua volta, per chiamata diretta e senza alcuna gara, al Centro Servizi Pitagora, limitandosi a girare a quest'ultimo le somme ricevute dalla Regione, e concordate proprio sulla base di quanto richiesto dal Centro, trattenendosi un 5% per spese generali.
La Procura, ha contestato, i servizi, i quali avrebbero dovuto essere svolti in proprio dall'IZS cui la Regione li aveva affidati evitando così quel costo del 5%. E' stato anche contestato che l'affidamento al Centro Servizi Pitagora era avvenuto in violazione dei principi della concorrenza che, se attuati, avrebbero comportato un sicuro risparmio di spesa, nonché il reiterato mantenimento del rapporto tra l'Istituto zooprofilattico ed il Centro Pitagora.